ZAC2230年。
東方大陸に位置する近代都市・ブルーシティ。
ゾイドバトルチーム・マッハストームに所属する少年RD（アールディー）は、父親が遺したライガーゼロを愛機に、何でも屋をしながら、Ziファイターとしてゾイドバトルへの出場を目指していた。
そんなある日、エキシビジョンマッチにおいてゾイド同士の合体によりその能力を飛躍的に向上させる「Ziユニゾン（ユニゾン）」の存在が知れ渡り、Ziファイター達は自分のゾイドとユニゾンできるゾイド・Ziパートナーを捜し求めるようになる。